方舟指令的游戏背景设定在科技发达的近未来世界，拥有神格的竞技少女人形”誓灵”服务于人类，玩家作为誓灵之主——“御灵士”将与来自阿斯加德、奥林匹斯、高天原、九霄、幻想五大阵营的誓灵们并肩作战。随着与誓灵的羁绊不断加深，玩家可以逐步解锁隐藏剧情和私密故事，探寻誓灵与这个世界的秘密。