FC3部曲的最后一作。也许是向玩家的妥协，本作的难度是3部中最低的。虽然影分身被取消，但刀光的加入和受创动作大幅度减小，还有天火镖等攻击道具的强化，使游戏难度一下变得比前两作“平易近人”了许多。虽然本作中加入了不少新要素，并以降低难度的姿态希望吸引更多的玩家，但由于这时已经是FC的末期（同年SFC发售），作品本应有的魅力被大打折扣。
邪神剑事件后某日，研究所外，艾琳被人追杀至悬崖，而追杀者赫然是“隼.龙”！？无路可逃的艾琳最后失足堕海。
不可能对艾琳下手，但又被谜团困扰,不知真相的龙潜入研究所，希望能找到线索。神秘男子克兰西提醒龙“到岩石城堡的要塞去，途中会有很多敌人的陷阱，龙，只有你能做到”。
龙从研究所的大型显示器上发现了一个老熟人——寻父事件中的CIA特工福斯特。
在岩石城堡外围，龙再次遇到了神秘男子克兰西。原来克兰西是福斯特主持的生化计划成员，他们秘密地创造了叫作“人工生命体”的怪物。邪神死后，在不同空间之间产生了一道裂缝，无数的生命能源从要塞遗迹里的裂缝中涌出，福斯特重修了要塞，在那里做生命能源的转化实验，而人工生命体就是用生命能源转化得到的超人。
袭击艾琳的就是被制造出来的人造龙，被艾琳发现而杀人灭口。
岩石城堡的要塞内部，龙终于见到了福斯特，福斯特坦言希望得到龙的身体用以改造计划。这时突然有人出现并向福斯特射击。居然是堕海未死的艾琳。艾琳死里逃生后，和军方取得联系，打算合作破坏福斯特的计划。
乘乱出现的克兰西把福斯特化为灰烬，原来克兰西是利用龙打倒福斯特及其手下，夺取要塞内的遗迹。克兰西打通了通往生命能源的亚空间连接，遁入其中，龙追随而去。
在空间内，龙干掉了人造龙。而克兰西已经启动了埋藏在遗迹中的超级空间战舰，陷入疯狂的克兰西称之为建立新世界的诺亚方舟，打算用战舰的力量毁掉一切，再重新创造一个世界。
龙突入到战舰核心，奋力打倒已经和战舰融为一体的克兰西。电闪雷鸣中，龙回到地面，和艾琳望着远山，朝阳缓缓东升，光明照耀大地……
