游戏一共登场29名角色，以3人一组的方式形成9个队伍。分别是：主人公队、饿狼传说队、龙虎之拳队、新·怒队、超能力战士队、新·女性格斗家队、金队、八神队、BOSS队。除了以上的参赛队伍，另外还存在神乐千鹤与高尼茨，通过输入隐藏指令可进行相应的选择。
拳皇96为了使系统更具游戏性，追加了紧急回避动作以及小·中跳跃，舍弃了以往的侧身回避、前跳，而这些改变一直沿用至今。还有发超必杀技时身体会乍现蓝光，也是让人眼前一亮的设定。随着系统的大幅度变更，游戏节奏上升带来的快感无与伦比。不过POWER的积蓄方式还是与以往一样，人物攻击力过强，游戏中的指令投过于变态，无失败动作并且抓取范围巨大，大门和克拉克这两个顶级角色就是很好的例子，八神在96当中甚至不需要鬼步，仅仅向前走去便可使用无限屑风，并且游戏当中有一些BUG。
