在游戏中，玩家需选择4名角色组成队伍，在排序时的最后一名角色将作为援护角色。此外，每个角色存在另一种援护角色或隐藏援护角色。战斗画面的下方将存在援护珠。而该作在《拳皇99》的基础上进一步改良了援护系统，除了平时的站立状态外，攻击中进行的通常技、必杀技、通常投、解拆投技、倒地前都可以呼叫援助角色进行援护攻击。援护珠随着角色更替逐步补充或增加指数量，例如第一名角色可使用最多3次援护攻击；第二、第三名角色则在前面角色的基础上各自增加1次援护攻击并补充1次援护珠。
拳皇2000简化版apk恢复了传统的紧急回避，取消了闪后进攻。游戏速度进一步的整体提高。反击模式和防护模式没有太大的变化。防护模式的时间增长了，反击模式和防护模式的轻击造成的硬直相当于以前重击造成的硬直。模式发动时会轰飞靠近的对手。
