KOF的故事在97年打倒大蛇后似乎就已经结束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份无从参考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放弃前作成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
反击模式闪后进攻时必杀技的速度加快，可以CANCEL必杀技，而必杀技可以CANCEL超必杀。可以无限发超必杀，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发MAX超必杀。反击模式消失后能量槽也会消失一段时间，恢复后才能重新集气。
防护模式不能发超必杀，闪后进攻可以CANCEL必杀技，特定人物闪后进攻可CANCEL闪后进攻，防护模式被攻击后不会倒地，任何的攻击都不会中断。
对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
KOF99的故事进入了NESTS篇，主人翁由一直以来的京换成了K’。
召开KOF——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开！但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在格斗家们觉得不可思议的时候，对战形式又出现了新规定。
对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。
援护战斗！，听到这个陌生名词的格斗家们掩饰不住脸上的困惑。感觉到有些火药味的哈迪伦示意拉尔夫等人参加战斗，查明大会开展的真相。
其中，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到了邀请，预备出席KOF。队友的名字是K’以及马克西玛（MAXIMA）。但是在以前的格斗界中，红丸对这两个名字闻所未闻。满怀心事的红丸以及格斗家们分别动身前往指定地点，他们心中充满疑惑——援护模式是什么？这次举办的大会又有什么内幕？满是谜团的KOF即将再掀风雨！
在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。
京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里？庵呢？那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局？
