合金弹头3硬盘版是一款经典玩法的街机射击游戏，作为合金弹头系列中最后一部以SNK公司名义制作发行的作品。很多爱好者认为这是系列中素质最高的一部。其难度在系列中也是最高的。
莫丁将军妄图建立世界新秩序的反叛业已成为历史，和平与秩序开始重归世界。虽然东山再起的莫丁势力开始策划新一场政变，但已洞察迹象的政府军也已准备好了新一次的对反叛者的打击。
在镇压莫丁反叛中立下汗马功劳的“游隼”队员马可和塔尔玛在退役申合金弹头请被驳回后被继续任命带领队伍作战。因为莫丁虽然已被他的追随者们认为失踪，但这些追随者们依然潜藏在世界各个角落，而马可和塔尔玛的能力和经验是对付他们的有效利器，通过对反叛军的战斗，二人发现了莫丁和这个新的征服世界的邪恶计划的千丝万缕的联系。另一方面，隶属政府情报机关的“麻雀”部队在游隼对莫丁的追击的同时也遭遇一系列奇怪事件：神秘消失的家畜、政府官员的失踪，还有反常的巨大生物。诸多事件表明了一个可怕的事实：莫丁并不是唯一值得提防的对象。最后发现：曾在前一次莫丁叛乱中出现的外星人回来了！在共同的敌人面前，政府军和莫丁反乱军组成了反抗外星人的联盟。
1、摇杆控制你的人物移动，右下角的快捷键可以进行射击、跳跃。
2、击杀前方的敌人，拾取敌人死亡后爆出的道具。
3、解救被困的人民也可以获得道具奖励。
Slug Mariner：装备火神炮和鱼雷的小型潜艇，但火神炮的子弹会因为水的阻力呈抛物线状弹道。
Elephant Slug：装备火神炮的大象，无装甲，不能跳，若得到“电池”或“火辣椒”的强化，副武器将变成从鼻子里射出的电流或火焰。
Ostrich Slug：装备火神炮的鸵鸟，类似以前的骆驼但有更强的跳跃力，缺点是左右转身时有一段不能攻击的硬直时间，此时若遭到攻击会死亡。
Drill Slug：钻地坦克，这个载具不能跳跃，但拥有驾驶舱抬升的能力。主武器为火神炮而副武器为范围较短但威力巨大的钻头。
Slug Copter：直升机，继2代的飞机之后又一种空中单位。主武器为类似骆驼的更大威力的机关炮，可以360°射击；副武器为向前下方投掷的炸弹。
Astro Slug：反叛军研制的小型单人宇宙战斗艇，初始武器只有导弹和射速低威力弱的小炮，但可以把得到的强化武器装在两侧使用（并不与搭乘者当前使用的强化武器共享），后期也可以得到火神炮作为强化，得到强化武器后若遭到攻击，将会像前代的SlugNoid般先后失去两侧的武器。
Level Armor：革命兵器1，叛军研制的小型单兵动力装甲，可以近身攻击，背后的火箭背包令其有二段跳跃的能力。两臂分别为机枪和加农炮（仅在最后一关有的载具，且仅有F弹），和Astro Slug一样使用角色强化武器，初始附带10发炮弹和200发重机枪H的子弹，也可以使用R、S、F、L等强化武器，但游戏中若无法得到弹药补给，主武器 子弹耗光后会无法使用。
Slugnoid Type-R：就像X中出现的Metal Slug Type-R一样的Slugnoid的反向版，副武器变成发胖状态下的铁蜥蜴（即I弹，Iron Lizard），将会朝画面左边射击。
