在THE KING OF FIGHTERS 2000大会举办过程中，一个城市被卫星兵器ZERO CANON摧毁了。但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故。 虽然“终止必然会出事的KOF大会"之声不少，但讽刺的是，这个有名的格斗大会却再次恢复人气。而且人门的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。
如果是在街机里就调不了的 如果在电脑里就可以用金手指来选 但是拳皇2001里很多BUG 选了BOSS之后会卡机或者是电脑人物的队伍错乱 到现在官方仍未解决这问题
倒是有修改版可以直接选两个Boss，但那是通过改动游戏文件调出来的，使用的话会导致街机模式（就是剧情模式）错乱，对方组队乱七八糟，甚至有可能一上来就打Boss.而且在中间动画过后的队伍会重复同一队，几次之后就会卡住..最后，虽然不得不承认两个Boss强的不要脸，但是如果想正常进行游戏的话还是别想太多了..
STRIKER
这次的STRIKER系统作了很大改变，改为以消耗一条必杀棒来呼唤STRIKER。由于可同时使用三名STRIKER，所以操作方法也多了起来，若想呼唤最左边的STRIKER，便要同时按下+B+C键，要发动中间的STRIKER便要按B+C或+B+C键，而最右边的STRIKER指令则是+B+C。
CANCEL STRIKER
本作最重要的系统之一。一般来说，呼唤STRIKER时下场角色都会有一个“呼唤STRIKER的动作”，这点自《拳皇'99》开始已经存在，不过在上集中如在某些动作中呼唤STRIKER，便不会有这动作，因此称为“ACTIVE STRIKER”，但本作中“ACTIVE STRIKER”将改为“CANCEL STRIKER”，而分别在于“CANCEL STRIKER”只有在“击中或另对手在地上防御”时，才能发动。由于有此限制，因此CANCEL STRIKER的超杀棒消耗量与平常的STRIKER是一样的，只要一条超杀棒便可。若使用CANCEL STRIKER，其最大的要点就是可以同时呼唤多位STRIKER。因此，多STRIKER的连续技也可以使出，简单来说就是“角色攻击STRIKER角色攻击STRIKER角色攻击”了，只要有多名STRIKER在阵，而又有足够的超杀棒便可使出了。但这也是有使用条件的，就是下场角色的每一招都只能叫一个STRIKER出场，简单来说，若想呼唤出两名STRIKER攻击，边要以“攻击”去隔开他们了，如“角色攻击STRIKER角色攻击STRIKER”。除此之外，随着被叫出来的STRIKER数目，STRIKER的攻击力也会提高，越后出场的STRIKER攻击力就越高。因此在组合STRIKER连续技时，便要考虑先后的问题，应先放出“容易连招及可追打”的STRIKER，最后才放出“破坏力较大，而且不能追打”的STRIKER。
CANCEL STRIKER的输入方法
按+B+C呼唤STRIKER后，若再以相同指令来呼唤STRIKER，就会以左至右的顺序出场。按B+C呼唤STRIKER的时候是中右左，+B+C的时候是左右中。
不能使用CANCEL STRIKER的情况
CANCEL STRIKER与ACTIVE STRIKER一样，在紧急回避中、起上时和在发动超必杀技中也是不可使用的，而且当被对手以超重击命中、GUARD CANCEL吹飞攻击中、通常投和解投时，又或是以特定的必杀技击中后，也是不能使出的。另外，无论是击中还是挡下，在通常技击中时都会有一瞬间的停顿时间，在这场合是不可CANCEL STRIKER的，不过只要避过这段时间，然后输入就没有问题了。
SUPER CANCEL
上集中只有发动反击模式才可以使用的技巧，本作中可随时发动。但在使用的时候会多消耗一条超杀棒，MAX SUPER CANCEL则需要三条超杀棒。事实上也并非任何必杀技但可惜SUPER CANCLEL，对不对应SUPER CANCEL要视乎招式的不同、以及段数的不同了。SUPER CANCEL后使出的超必杀技，基本上是没有限制的，只要必杀技是对应SUPER CANCEL的，任何超必杀技也能使出。但有两招除外，分别是金的轻“霸气脚”和玛莉的“玛莉掠夺”。轻“霸气脚”只能以“凤凰脚”来SUPER CANCEL，而“玛莉掠夺”只能以“玛莉电闪光”来SUPER CANCEL，其他超杀是不能用来SUPER CANCEL以上两招的。实战中有些招式用SUPER CANCEL是非常有效的，如罗伯特的“极限流连舞脚”在最后一击有防御破坏判定，因此若在“极限流连舞脚”后SUPER CANCEL“龙虎乱舞”，便可令对手无法防御而必中“龙虎乱舞”了。
但是，在这个世界性的大会中，一个惊人的事实逐渐被揭露开来，大会参赛者的名单中竟然有N.E.S.T.S. TEAM的出现!! 大会主办者的真正目的究竟是什么呢?而且今次的大会并没有保证惨剧不会再次发生…… THE KING OF FIGHTERS N.E.S.T.S.的第3篇。一切都会在今次的大会后完结!!
KOF2001包括10支队伍，和99/2000一样，每个队伍由4个人组成。没有edit专用角色了，Kyo和Iori都在队伍之中。有一个新队伍和4个新人物；新队伍是NESTS队：由Kula和三个新人物（Foxy，Angel，和K9999）组成。剩下的一个新人物是Mei-Li，她将在韩国队，代替了全勋的位置。
在THE KING OF FIGHTERS 2000大会举办过程中，一个城市被卫星兵器ZERO CANON摧毁了。但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故而隐瞒了真相。虽然“终止必然会出事的KOF大会”之声不少，但讽刺的是，这个有名的格斗大会却再次恢复人气。而且人们的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。
但是，在大会中，一个惊人的事实逐渐被揭露开来，大会参赛者的名单中竟然有NESTS TEAM的出现! 大会主办者的真正目的究竟是什么呢?而且今次的大会并没有保证惨剧不会再次发生。一切都会在今次的大会后完结。特效炫酷颜值爆表技能炸天，但是这款游戏也绝对不是说没有槽点的!有基友吐槽说THE KING OF FIGHTERS简直中了魔咒，每次都会有惨剧发生，分分钟柯南附体，真是专业苦逼一万年的节奏!
