《刺客信条：叛变》的游戏背景设定在1752年到1761年的英法七年战争期间，将是《刺客信条4：黑旗》的续作，确切的说是与三代早期平行时间段的一个故事，将会以一位名叫“谢伊”的圣殿骑士作为游戏主角。《刺客信条3》中的海尔森·肯维，威廉·强森等圣殿骑士还有阿基里斯和《刺客信条4：黑旗》中的阿德瓦勒也会在该作中登场。
1751年，北美，法国与印第安人之间关系紧张，时局相当动荡。Shay Patrick Cormac是一位年轻叛逆的刺客组织成员，然而，一次关于某个任务的争论与该任务的最终惨败，使得他质疑刺客兄弟会的信条。于是，Shay决心要干掉阻碍他的人，这使得他最终成为了一名圣殿骑士。
