故事讲述了隋唐之间，南朝陈的末裔陈靖仇，为报答师傅的养育之恩，而继承了父辈们的遗命，踏上复国之路的故事。不过游戏主题却是讲述爱情，并且刻画动人， 因而广受赞誉。画面音乐等方面均有所提高。剧情内容有所增加，法术等方面均与原作相同，在原游戏内容基础上添加部分隐藏支线剧情。感兴趣的玩家快来一起加入轩辕剑成为游戏的主角，谱写自己的人生。
唐朝的太平盛世景象，从举世闻名的丝路，传到世界各大文明国度中，许多商人都在世界各地，讲着关於他们在丝路旅行的故事。文化、文明因此频繁的交流着。本来，这个时代应该是不需要再有新的神话故事，但是，神话时代就存在的轩辕剑，却又有新的传奇在人间流传出来。
陈靖仇
年龄:16岁
武器:剑
陈朝后裔小少主，靖虏安邦全不仇；国仇家恨忘两旁，怡然逍遥江山游。
游戏主角，开始游戏前可以更改姓名以及昵称，孤儿，为南北朝陈朝末裔，陈灭亡后，被师傅陈辅抚养长大，虽然师傅对其寄予厚望，但他却一直无心复国，喜诗词歌赋，重朋友、轻名利，被其师责为软弱无能，胸无大志。受师傅影响很大，乐于助人，虽然软弱怕事，但是却能为朋友奋不顾身。后期受拓跋玉儿影响，逐渐坚强。
在小雪结局中，与小雪在终南山上陈辅墓前祭拜，并合奏《如忆玉儿曲》时遇见了七世只有二十年阳寿的玉儿转世，而因为失却之阵的缘故丧失了对玉儿的记忆。|
在玉儿结局中则是与玉儿结为连理，两人终生居住在供奉女娲石和陈辅墓的终南山下耕读侠义，以神仙侠侣而闻名。
在手机版新增结局中与玉儿结局相同，不同的是两人在60年后终能与小雪重逢。
于小雪
年龄:15岁
武器:铜环
月河姑娘发如雪，善体人意心温柔；泪若珠泉冰亦融，惟愿三人永长留。
于小雪是游戏中的女主角之一，游戏中可以更改姓名以及昵称，游戏中她是女娲石转世，孤儿，被月河村的客栈老板收留，因一头白发，被村民认为是妖物，倍受歧视（其实是因为其为女娲石转世的缘故）。后来因为亲人全部被鲛精杀死，只好跟着陈靖仇一起旅行。性格温柔腼腆、内敛自卑、在陈靖仇等同伴的关心下，逐渐走出丧失亲人和自卑的阴影，暗恋靖仇，但因为个性害羞加上顾虑与靖仇及玉儿三人的伙伴关系，所以迟迟不敢表达。
后期又受到宇文拓的影响，认识到自己所肩负的使命。
在小雪结局中，与靖仇在终南山上陈辅墓前祭拜，并合奏《如忆玉儿曲》时遇见了七世只有二十年阳寿的玉儿转世。
在玉儿结局中因使用天女白玉轮阵法复活玉儿、再加上推动失却之阵力量耗尽而变回为女娲石，本来需六十年吸收天地精气才能回复人形，但因为使用自己能力回复了靖仇因失却之阵而丧失的对陈辅之记忆，耗用更多力量而沉睡更久，六百年后经常被见到在靖仇及玉儿的墓前祭拜。
在手机板新增的另一结局中，则是因为使用了天之痕碎片辅助而减少了些许力量消耗，在60年后与白发苍苍的靖仇与玉儿重逢。
值得注意的是，在试玩版中的名子为黄小雪，且攻击绝招及战斗动作皆与正式版稍有不同。
据制作者的说法，命名的灵感是雪霸国家公园。
拓跋玉儿
年龄：17岁
武器:长刀
美人如玉刀如虹，琵琶俪影气吞雄；寻鼎恶土追亲仇，知恩倍答映真情。
拓跋玉儿是游戏中的女主角之一，游戏中可以更改姓名以及昵称，拓跋月儿之妹，鲜卑族。任性妄为，很让其姐姐和姐夫张烈头疼，行事不计后果，一心只想杀隋炀帝，结果在龙舟上行刺失败，被陈靖仇救下跳河逃生，后又在氐人女王责怨下自毁容貌以致生命垂危，幸得陈靖仇和于小雪细心照料才得以痊愈，之后认识到自己以前的错误。敢爱敢恨、率真直爽的性格被很多玩家所喜爱。
在小雪结局中并无复活，在投胎前与天神做了往后七世都只有二十岁寿命的条件交换来与靖仇见最后一面，之后投胎成为一户游牧人家的孩子，遇见靖仇和小雪。
在玉儿结局中与陈靖仇结为连理，两人终生居住在供奉女娲石和陈辅墓的终南山下耕读侠义，以神仙侠侣而闻名。
在手机版新增结局中与玉儿结局相同，不同的是两人在60年后终能与小雪重逢。
据制作者的说法，名字的灵感是玉山国家公园。
