《魂斗罗2代》是依据原版内容修改的游戏，科乐美上的“魂斗罗”系列部部都是经典，难度也各有不同，《魂斗罗2》也被称之为“超级魂斗罗”，原版的游戏难度不是很高，现在加上无限命的玩法，想要通关是很容易的，二代作品在大体上没有和前作有较大的改变，除了一些地图外，其余都差不多。
1、相对于街机版，FC版的难度被大幅削减，甚至可能低于FC版的前作。
2、游戏中武器的表示改回前作般的猎鹰，但颜色变为红蓝两色交替闪烁。散弹枪S取消级别的设定。
3、俯视画面中的炸弹被取消，改回FC版前作般的无字母猎鹰，接到时令画面内敌人全灭。
4、FC版增加了新的关卡，原街机版的流程只大致相当于FC版的前六关。第七、第八关为原创关卡。
5、街机版已有关卡在移植后也有一定程度的流程变化，调整了部分关底Boss的设定。
公元2631年9月12日，一颗神秘的陨石坠落在新西兰附近的加尔加群岛上。两年以后的2633年12月，联邦军司令部得到消息，说一个叫做“红鹰”的武装组织开始把加尔加群岛地区修建成一个发动异型侵略战争的基地。于是，防卫军“魂斗罗”成员比尔·雷泽【Bill Rizer(ビルライザー)】和兰斯·比恩【Lance Bean(ランスビーン )】被送去破坏对方的计划。这次行动获得圆满成功，但是海军部门将有关这次事件的信息作为高度机密，完全未向大众公布。之后的一年。公元2634年12月，地球联邦南美GX军第7方面军在举行军事演习时突然发出求救信号，联邦军在分析之后认为是“红色猎鹰”的残党和外星人所为，于是，魂斗罗小队的上等兵比尔·雷泽和兰斯·比恩再次出击。
